Zwischen RTR-GmbH, Fachbereich Medien und KommAustria sowie dem Bundeskanzler (oder einem damit betrauten Mitglied der Bundesregierung) bestehen zahlreiche Berührungspunkte.
Die KommAustria ist als unabhängig Behörde eingerichtet, das heißt sie unterliegt keinen Weisungen. Es besteht jedoch ein Aufsichtsrecht des Bundeskanzlers, das ihn befugt, sich über Gegenstände der Geschäftsführung unterrichten zu lassen und alle einschlägigen Auskünfte zu verlangen.
Die RTR-GmbH steht im Eigentum des Bundes und es obliegt dem Bundeskanzler die Anteilsrechte des Bundes (im Einvernehmen mit dem für den Fachbereich Telekom zuständigen Bundesminister) zu verwalten. Der Bundeskanzler bestellt einen der beiden Geschäftsführer der RTR-GmbH sowie ein Aufsichtsratsmitglied der RTR-GmbH. Während im Bereich der Tätigkeit als Geschäftsapparat die RTR-GmbH, Fachbereich Medien nur der fachlichen Leitung und Weisung der KommAustria unterliegt, unterliegt sie im Bereich der Förderverwaltung dem Aufsichtsrecht des Bundeskanzlers.